Die Pfarrei Heiligenstadt wurde wohl schon vor dem Jahr 1000 von Würzburg aus gegründet. Ein belegtes Kilians-Patrozinium der alten Heiligenstädter Pfarrkirch legt dies nahe.
Unter den Rittern von Streitberg wurde Heiligenstadt 1582 evangelisch. Obwohl Heiligenstadt im 18. Jahrhundert wieder an das Fürstenbistum Bamberg fiel, verzichtete man auf die Gegenreformation. So entstand die bis heute bestehende Situation, dass seit 1693 der Patronatsherr der evangelischen Gemeinde katholisch ist. Dieses Patronatsrecht ist hauptsächlich ein Präsentationsrecht im Bezug auf die Besetzung der Pfarrstelle und materieller Leistungen für den Unterhalt der Schlosskirche in Burggrub. Es liegt noch heute bei der Familie der Schenken von Stauffenberg. Seit ca. 1700 gibt es wieder katholische Seelsorge im Gebiet von Heiligenstadt.
Der erste Kirchenbau, die Schlosskirche in Burggrub, wurde etwa 1720 errichtet. Sie war bis Mitte des 19. Jahrhunderts Klosterkirche eines kleinen Franziskanerklosters, dann Kuratie, und seit Ende des 19. Jahrhunderts bis 1982 Pfarrkirche. Im 20. Jahrhundert stieg die Zahl der Katholiken so stark an, dass ein Kirchenneubau unumgänglich wurde. In den Jahren 1964 – 1966 wurde deshalb ein neues Gotteshaus in der Greifensteinstraße in Heiligenstadt gebaut.
In der Pfarrei leben derzeit etwa 800 Katholiken. Zur Pfarrgemeinde gehören folgende Ortsteile: Brunn, Burggrub, Greifenstein, Heiligenstadt, Heroldsmühle, Leidingshof, Neudorf, Neumühle, Oberleinleiter, Reckendorf, Siegritz, Stücht, Traindorf, Volkmannsreuth und Zoggendorf.